Don Rodrigo Manrique, reconocido como Maestre de Santiago en la provincia de Castilla, se enfrentó con gran éxito durante tres años en la guerra dinástica contra castillos y plazas, que obedecían al marqués de Villena, hasta que la muerte le alcanzó en 1476.
Alonso de Cárdenas acude apresuradamente con sus partidarios y el prior de San Marcos de León a Uclés, sede del priorato de Castilla, para hacerse reconocer como maestre de los territorios de la Orden en dicha provincia de Castilla. El Capítulo General está convocado para reunirse en la localidad del Corral de Almoguer. Sin embargo, los Reyes Católicos se oponen a tal nombramiento. Ausente Fernando, Isabel cabalga hasta Corral de Almoguer donde se presenta en el Capítulo General para sorpresa de los caballeros de Santiago y pide formalmente que se detenga el proceso de elección del Maestre. Es más, solicita que se le adjudique la administración de la Orden al rey Fernando por un período de seis años. Los caballeros se inclinan ante la voluntad real, y Cárdenas tiene que resignarse ante la evidencia y vuelve a sus territorios.
Los reyes quieren poner orden en la administración santiaguista y están necesitados de las copiosas rentas de la Orden, pero a la vez quieren asegurarse la fidelidad de Cárdenas que ha conseguido retener el control de la provincia más rica. El problema es tratado por los Reyes en Madrid, en los primeros días de abril de 1477. Rodrigo Maldonado de Talavera es enviado para visitar a Cárdenas en Llerena. Estaba dolido por el incidente en el Corral de Almoguer y manifestó con claridad su deseo de que se reuniese el Capítulo de la Orden para confirmar su nombramiento. La intención de los Reyes era clara: otorgar a Cárdenas el maestrazgo a cambio de ciertas compensaciones económicas.
Camino de Cáceres a Sevilla, la reina Isabel visita a Cárdenas en Valencia de las Torres. Mes y medio más tarde el rey Fernando viaja a Extremadura para entrevistarse con Cárdenas y solucionar definitivamente el contencioso sobre el maestrazgo de Santiago. Esta crucial entrevista tuvo lugar en Azuaga a fines de agosto de 1477.
Tras la entrevista, el rey Fernando ponía fin a su administración de la Orden a favor de Alonso de Cárdenas que era reconocido como único Maestre y sería proclamado por un Capítulo General que se convocaría al efecto. A cambio, Cárdenas reconocía un importante subsidio económico a la Corona, tres millones de maravedíes anuales para con ellos poder atender las necesidades de los castillos de la frontera de Granada. Este subsidio no era otra cosa sino el pago de los años de administración que aún le restaban a Fernando del nombramiento que le concedió el Capítulo del Corral de Almoguer el año anterior. Dos años más tarde, y en agradecimiento por su victoria sobre los portugueses en la batalla de La Albuera en Badajoz, los Reyes perdonarán la deuda al Maestre.
Es entonces cuando se convoca el conocido Capítulo General de la Orden de Santiago en Azuaga, que se reúne el 27 de noviembre de 1477 en el Convento de la Merced (Ermita de San Sebastián), por estar el Castillo en estado ruinoso. Acuden los dos Priores de San Marcos de León y de Uclés, los caballeros Trece o electores con derecho a voto, y los demás comendadores y caballeros de la Orden. El día 28 se pasa con la presentación de credenciales y constitución del Capítulo. El día 29 de noviembre se efectúa con toda solemnidad, y conforme a los estatutos de la Orden, la elección canónica: los Trece nombran Maestre de Santiago a don Alonso de Cárdenas. Por fin el 30, domingo, todos los asistentes prestan juramento de obedecer y servir al Maestre.
Entre los asistentes se encontraba el heredero del fallecido maestre don Diego Manrique, el poeta Jorge Manrique y autor de una de las obras cumbre de la poesía en lengua castellana “Coplas a la muerte de su padre”.
Más tarde, Alonso de Cárdenas intervendrá decisivamente en la terminación de la guerra con Portugal. Los Reyes le ponen a prueba ordenándole la conquista de Mérida, la rendición de la condesa de Medellín y el rechazo de la invasión portuguesa. Cumple todos sus objetivos y vence al ejército portugués en la batalla de la Albuera. Los Reyes Católicos se rinden ante la evidencia de haber encontrado un firme defensor de sus causa y sellan la reconciliación con el reconocimiento de Cárdenas como uno de sus principales jefes militares, nombrándole Adelantado de la frontera, y como tal tendría un puesto principal en la futura guerra de Granada que se avecinaba.
Concluida la guerra civil con la firma de la paz con Portugal e iniciada la conquista del reino de Granada, Alonso de Cárdenas tuvo un papel destacada al frente de los caballeros de la Orden, participando en las principales acciones de esta guerra, desde el asedio a Alhama en 1482 hasta la toma de Granada diez años después.
Don Alonso de Cárdenas vivirá su momento de gloria el día 2 de enero de 1492, cuando entra en Granada acompañando al Rey Católico y contempla emocionado el flamear de la enseña de la Orden de Santiago junto a la propia enseña de los Reyes Católicos en la Torre de la Vela, la más alta y esbelta de la Alhambra. Fue la reina Isabel quien decidió, en agradecimiento por la ayuda de la Orden, que su enseña fuera la única que ondeara en Granada junto a la cruz y las enseñas reales de Castilla y Aragón. Como recompensa por sus servicios, los Reyes le otorgaron a Cárdenas para sí y para su descendencia el condado y señorío sobre la villa de la Puebla (Badajoz), que desde entonces es conocida como la Puebla del Maestre.
Después de culminada la empresa de sus vida, el Maestre se retiró a Extremadura. Otorgado testamento en Llerena el 30 de junio de 1493, falleció al día siguiente, 1 de julio, con setenta años de edad, o poco menos, y fue sepultado en la Iglesia de Santiago de Llerena. El Maestre don Alonso yacía en la capilla mayor de dicha Iglesia, en unión de su esposa doña Leonor de Luna. Su sepulcro fue deshecho, y de él se conservan en la actualidad las estatuas yacentes de ambos cónyuges adosadas a la pared de la Iglesia.
Mientras vivió el maestre don Alonso de Cárdenas, los Reyes aplazaron la incorporación del maestrazgo a la Corona, pero fallecido don Alonso en 1493 procedieron a la inmediata incorporación de dicho maestrazgo, de modo que Cárdenas fue el último maestre de la Orden.
Con la conquista de Granada, último baluarte musulmán en la Península, la historia militar de las órdenes había alcanzado también su final. Nacidas para luchar contra el Islam y recobrar el territorio nacional, su misión había sido coronada con el éxito. Habían contribuido a la tarea que se habían marcado con todo su esfuerzo y sin regatear sacrificios.
Pero no por eso desaparecerían las órdenes militares; ahora sus ingentes rentas y su prestigio acumulado durante siglos, se convertirían en patrimonio de la Corona, que las utilizaría durante varias centurias más al servicio de fines más generales y como medio de recompensar a sus más fieles servidores.
LOS TEMPLARIOS EN EXTREMADURA 