En 1230 soldados cristianos, al mando de Alfonso IX, reconquistan la ciudad que es entregada a la Orden de Santiago quienes establecen una Encomienda como centro administrativo que obligará a la realización de obras diversas para atender a las nuevas necesidades. Sin embargo, las innovaciones más importantes no se efectuarían hasta el último tercio del S. XV en el que se acota el ángulo nororiental con al construcción con un gran muro de sillería. En ese apartado se instalarán diversas construcciones como la capilla, torres, aposentos residenciales o la torre del Homenaje, levantada en el 1480 por el Maestre don Alonso de Cárdenas.
Será en el tercer cuarto del S. VXI cuando se lleve a cabo otro importante evento que redefinirá la estructura y función de la alcazaba emeritense. Se trata del establecimiento provisional de la sede del Priorato de San marcos de León entre 1563 y 1600, año en el que vuelve a León.
Con este motivo se reforma nuevamente todo el ángulo nororiental de la alcazaba. En la parte exterior se edifica el Conventual Santiaguista, una nueva iglesia que pudiera atender más desahogadamente las necesidades religiosas. La parte más destacada del Conventual es su magnífico claustro rectangular renacentista, dispuesto en dos pisos con arcos de medio punto sobre columnas y capiteles clasicistas. Vemos así fundirse la dedicación militar, administrativa y religiosa en un mismo edificio.